Именем Марджани названа самая старинная каменная мечеть города Казани. Сам он там был имамом с 1850 года. Марджани называют «татарским Геродотом, «отцом татарской нации».

Совместно со своим учеником Хусаином Фаизхановым предложил первую в России идею о реформировании системы образования мусульман, предусматривавшую создание 10-классного медресе в Казани, где обучалась татарская элита. Его идеи о реформировании заложили основу возникшего позднее мусульманского реформаторского движения — джадидизма.Автор первого капитального научного труда по истории татар —»Мустафад ал-ахбар фи ахвал Казан ва-Булгар» (Полезные сведения о Казани и Булгаре), где обосновал историческую преемственность волжских булгар, татар Золотой Орды и Казанского ханства с современными волго-уральскими татарами.

Являясь авторитетным мусульманским богословом, отстаивал идею о необходимости сохранения татарами своей национальной идентичности и самосознания и недопустимости его растворения внутри остального «исламского мира». Является автором более чем 30 трудов, написанных, в основном, на арабском языке. Только несколько произведений было написано на татарском арабским шрифтом. Несколько произведений Марджани так и не было найдено.

Удивительным было отношение Марджани к «братьям нашим меньшим».

Шигабутдин Марджани стал адептом идей Российского общества покровительства животным среди татарского населения. Он продвигал идеи милосердного обращения с животными в широкие массы.

По просьбе председателя казанского отдела этого общества (им был губернатор Николай Скарятин), в 1869 году казанский ахун Ишгабуддин Багаутдинов (Ш.Марджани) подготовил назидательную статью о кротком обращении с животными, на основе сур из Корана и хадисов. Эта статья была переведена на русский язык Николаем Ильминским и заслушана на заседании общества. Труд Марджани был рекомендован для распространения среди татарских конфессиональных училищ. Статья на татарском языке была отпечатана отдельной брошюрой и разослана по всем медресе Казанской губернии.

Татарская статья о кротком обращении с животными стал значительным событием в истории Общества. Об этом сообщалось в юбилейном историческом очерке Российского общества покровительства животных.

Не отрицая религиозный характер данных наставлений Марджани, нельзя не учесть и другие важные моменты, сыгравшие определенную роль в создании этого труда. Например, особенности его внутреннего мира и характера.

Шигабутдин Марджани рос в деревнях Ябынчы и Ташкичу Казанского уезда. Рано остался сиротой, в пять лет у него умерла мама. Позднее вспоминал, как перед смертью матери его позвали домой, ему надо было попрощаться с умирающей родительницей… Это воспоминание было очень детским: маленький Шигабутдин играл на улице с котенком, а игру его остановили… и сообщили, что мама умирает.

Частью детского мира Марджани были многочисленные домашние животные: он играл с ними, придумывал веселые затеи. Может быть, таким образом он компенсировал отсутствие материнского тепла. Несмотря ни на что, Шигабутдин рос очень веселым и озорным ребенком.

В зрелые годы Марджани тоже отличался неравнодушным отношением к животным. Он всегда проявлял заботу о своих домашних питомцах. Одна из его родственниц подчеркивала, что он специально собирал остатки еды (хлеба, арбуза, дыни, кожуру яблок, семена…) для них. Заботился он и о городских птицах. Например, специально оставлял крошки на козырьке крыльца своего дома.

Очевидно, к этому времени Шигабутдин Марджани был уже автором тех самых наставлений о кротком обращении с животными. Жизненный опыт и религиозные воззрения сформировали его как человека гуманного, который призывал к доброму отношению к животным не только на словах, но и в быту.

Сотрудничество Шигабутдина-хазрата с Казанским отделом Российского общества покровительства животным объясняет и его встречу в марте 1876 году со знаменитым ученым-зоологом Альфредом Эдмундом Бремом, автором известной научно-популярной книги «Жизнь животных».

Альферд Брем побывал в Казани по пути в Западную Сибирь. Немецкий зоолог прекрасно владел арабским языком, так как много времени провел в северном регионе Африки. Конечно, можно много рассуждать о других точках пересечения этих ученых, но бесспорно и их особое отношение к животному миру.